產前基因檢測一般不能查出自閉癥。自閉癥是一種復雜的神經系統(tǒng)發(fā)育障礙性疾病，其發(fā)病原因雖然與遺傳因素有很大關系，但并非單基因遺傳病。自閉癥的發(fā)生還涉及多種基因序列、環(huán)境因素、腦結構發(fā)育異常、營養(yǎng)素缺乏等多種因素。產前基因檢測主要針對的是明確的單基因遺傳病，如21-三體綜合征、18-三體綜合征等，通過檢測相應的基因序列來診斷胎兒是否患有這些遺傳性疾病。由于自閉癥的病因復雜，且不屬于單基因遺傳性疾病，因此產前基因檢測無法直接查出自閉癥。